Regionförvaltningsverken (RFV) samt närings-, trafik- och miljöcentralerna (ELY-centralerna) och kommunerna tar ut avgifter för behandlingen av miljötillståndsärenden. Avgiften tas ut av den som ansöker om tillstånd. Avgiften för beslutet är lika stor oavsett om det är positivt eller negativt.
Någon avgift tas inte ut av den som avger utlåtande, framställer anmärkningar eller framför åsikter.
Någon avgift tas inte i allmänhet heller ut för behandling av ett förvaltningstvångsärende som har anhängiggjorts av en part som orsakats olägenhet.
För beslut av de kommunala miljöskyddsmyndigheterna tas en avgift ut i enlighet med den taxa som har godkänts av kommunen.